ارزیابی همبستگی بین کیفیت و میزان RNA ویروسی استخراج شده از شیرخام با میزان ماده خشک شیرخام به منظور شناسایی ملکولی ویروسهای روده ای براساس مدل سطح پاسخ

چکیده
چکیده

امروزه حضور ویروسهای روده ای به عنوان عامل ایجاد بیماری درآب و بعضی از مواد غذایی به اثبات رسیده است . شیرخام جزء آن دسته از مواد غذایی است که می تواند به صورت بالقوه ناقل ویروسهای روده ای باشد . فقدان هر گونه روش مشخص به منظوربازیافت و استخراج این ویروسها از شیرخام سبب شده است تا در این پژوهش در قدم اول تاثیر میزان ماده خشک شیرخام روی کیفیت و میزان RNA ویروسی استخراج شده مورد بررسی قرار گیرد. بدین منظور براساس روشهای متداول جداسازی اجزاء و ترکیبات شیر ، به طور وارونه نسبت به ساخت چهار محلول مدل شیر خام برمبنای اجزاء و نسبتهای طبیعی شیر خام اقدام و محلولهای مدل حاصل توسط کلی فاژ MS2 به عنوان بهترین ویروس مدل برای ویروس های روده ای، در غلظتهای 104´ 3/1 ، 102´ 3/1، 3/1، 2-10´ 3/1، 4- 10´ 3/1پلاک در هر میلی لیتر تلقیح شد. با استفاده از روش پایه فنل- تیوسیانات گوانیدین – کلروفورم نسبت به جداسازی و استخراج RNA ویروسی از محلولهای مدل شیر خام اقدام و کیفیت و میزان RNA استخراج شده تحت 12 تکرار توسط دستگاه اسپکتروفتومتر نانو دراپ اندازه گیری شد. نتایج حاکی از آن بود که از محلول مدل شیرخام کامل ( حاوی چربی) در غلظتهای ویروسی برابر، بیشترین میزان RNA ویروسی استخراج شده است ، در حالیکه بین اجزاء محلولهای مدل ، کازئین و پروتئین های آب پنیر بیشترین بازدارندگی را در استخراج RNA ویروسی دارند. همچنین بالاترین کیفیت RNA استخراج شده به منظور شناسایی ملکولی ویروس های روده ای مربوط به محلول مدل شیر خام کامل ( حاوی چربی ) می باشد . نتایج همچنین نشان دادند که براساس مدلهای سطح پاسخ ( پلی نومیال )، همبستگی بالایی بین میزان استخراج RNA ویروس با میزان ماده خشک محلولهای مدل شیرخام و غلظت تلقیح ویروس (96/0(R= و همچنین بین کیفیت RNA استخراج شده با میزان ماده خشک محلولهای مدل شیرخام و غلظت تلقیح ویروس( 92/0 (R= وجود دارد.
کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله English

Evaluation of correlation between quality and amount of the extracted viral RNA from raw milk with the amount of raw milk dry Matter for molecular detection of enteric viruses using response surface model

چکیده English

Nowadays, presence of enteric viruses in water and some foods is proved as a cause for infectious diseases. Raw milk can transmit enteric viruses potentially. Lack of distinct protocol for recovery and extraction of these viruses from raw milk made us to evaluate the effect of dry matter amount on quality and amount of viral RNA yield. Therefore according to reverse of routine protocols in separating of milk components, we prepared four milk model solutions in different combinations and ratios based on natural raw milk components. Then, each milk model solution was spiked with five levels of MS2 coliphage (1.3×104, 1.3 ×102, 1.3, 1.3×10-2, 1.3 ×10-4 pfu/ml). We isolated the viral RNA from each milk model solution using phenol - guanidine thiocyanat - chloroform method. Also we measured quality and RNA extraction Yield in twelve frequencies by nanodrop spectrophotometer. The results showed that in the equal viral concentration, the most amount of viral RNA was extracted from whole milk model solution (including fat). Whereas casein and whey proteins had the most inhibition in the viral RNA extraction .Also the highest quality of the extracted RNA for molecular detection was related to whole milk model solution. Based on response surface model (polynomial) RNA extraction yield and quality of the extracted RNA were closely correlated to the amount of dry matter of milk model together with coliphage concentration (R=0/96 and R= 0/92 respectively).

کلیدواژه‌ها English

Key words: Correlation
RNA extraction yield
Quality of extracted RNA
Milk dry matter
Enteric viruses