این پژوهش  با هدف تعیین منابع آلودگی میکروبی در خط تولید دوغ در مدت یک سال در یک کارخانه فراورده‌های لبنی انجام شد. نمونه‌ها از نقاط کنترلی مختلف از ابتدا تا انتهای خط تولید شامل شیر خام، شیر پاستوریزه، آب فرمولاسیون، آغازگر، ماست دوغ، دوغ پاستوریزه، دوغ نهایی، سطوح و هوای دستگاه پرکن، سالن­ نگهداری دوغ پاستوریزه، سالن پرکن و انبار جمع­آوری شد. آنالیز میکروبی نمونه‌ها برای تعیین شمارش کلی میکروارگانیسم‌ها، کپک و مخمر، کلی‌فرم‌ها، اشریشیا کلی ، میکروارگانیسم­های سرمارا و گرمادوست، باکتری‌های خانواده اسید لاکتیک و استافیلوکوکس­های کوآگولاز مثبت مطابق استانداردهای ملی ایران انجام گردید. نتایج نشان داد کیفیت بهداشتی دوغ به کیفیت شیر خام، کفایت تیمار حرارتی، کیفیت میکروبی اجزای افزوده شده و مواد بسته‌بندی، انجام CIP و ضدعفونی مناسب لوله‌ها، سطوح فرآوری و کارخانه بستگی دارد. نتایج حاکی از آن است که تعیین نقاط کنترل بحرانی و سازماندهی سیستم‌های کنترل خودکار به منظور حذف یا به حداقل رساندن ریسک آلودگی‌ها ضروری می‌باشد.