Journal of food science and technology(Iran)
مجله علوم و صنایع غذایی ایران
FSCT
Agriculture
http://fsct.modares.ac.ir
1
admin
2008-8787
2783-3534
10.22034/fsct
fa
jalali
1397
9
1
gregorian
2018
12
1
15
83
online
1
fulltext
fa
شناسایی تنوع میکروبی سبزیجات شور تخمیر شده با آب گوجه فرنگی با استفاده از تکنیک نسل جدید توالی یابی
Identification of microbial diversity of fermented pickled vegetable with tomato juice using Next-Generation Sequencing technique
در سنجش فنوتیپی مجموع 58 باکتری از 3 نمونه سبزیجات تخمیری جدا گردید. جدایههای لاکتیکی براساس خصوصیات فنوتیپی در سطح جنس به صورت 64% Lactobacillus، 5% Pediococcus، 4.5% Leuconostoc و 26.5% جدایهها غیرقابل تشخیص شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکونهای ژن 16S ribosomal RNA کامل گردید. نواحی V3 و V4 از ژن 16S rRNA تکثیر شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالی یابی شدند. دادهها با نرم افزار BaseSpace و بانک اطلاعاتی greengenes بررسی گردیدند. این آنالیز حضور 77.12% Lactobacillus، 7.51% Pediococcus، 5.61% Leuconostoc، 1.20% Acinetobacter، 1.00% Enterobacter، 0.35% Erwinia و 0.35% Dickeya به عنوان جنسهای غالب و همچنین 2.79% باکتری غیرقابل طبقه بندی را در محصول نشان داد. در سطح گونه به صورت 19.32% Lactobacillus brevis ،15.71% Lactobacillus japonicus ، 13.25% Lactobacillus pentosus، 10.26% Lactobacillus senmaizukei، 4.60% Lactobacillus plantarum، 2.65% Leuconostoc mesenteroides ،2.32% Lactobacillus acidifarinae و 17.26% باکتری غیرقابل طبقهبندی شناسایی شدند. در سطح شناسایی جنس توسط هر دو سنجش فنوتیپی و مولکولی (NGS) نتایج مشابهی حاصل گردید. در این مطالعه، روش نسل جدید توالییابی در شناسایی کامل جامعه میکروبی شوری سبزیجات با آب گوجه فرنگی آشکار کرد که فلور میکروبی لاکتیکی به عنوان فلور غالب شامل Lactobacillus، Pediococcusو Leuconostoc فرایند تخمیر را هدایت میکنند. بهعلاوه باکتریهای غیرلاکتیکی شامل Acinetobacter، Enterobacter، Erwinia و Dickeya نیز میتوانند نقش مهمی در فرایند رسیدگی شوری سبزیجات با آب گوجهفرنگی داشته باشند. باکتریهایی پروبیوتیکی نظیر Lactobacillus plantarum، Lactobacillus pentosus، Leuconostoc mesenteroides و Lactobacillus brevis نیز در این فراورده تخمیری شناسایی گردیدند.
A total of 58 bacteria from three fermented vegetables samples were isolated. These isolates were identified as 64% Lactobacillus, 5% Pediococcus, 4.5% Leuconostoc and 26.5% unclassified bacteria based on phenotypic characterizations using morphological and biochemical tests. This identification was completed by culture-independent molecular method based on next-generation sequencing of 16S ribosomal RNA gene amplicons. The V3 and V4 regions of 16S rRNA gene were amplified and sequenced using Illumina MiSeq platform. These data were analyzed with BaseSpace software and Greengenes database. The analysis revealed 77.12% Lactobacillus, 7.51% Pediococcus, 5.61% Leuconostoc, 1.20% Acinetobacter, 1.00% Enterobacter, 0.35% Erwinia, 0.35% Dickeya as the predominant genera and 2.79% unclassified bacteria. At species level, 19.32% Lactobacillus brevis, 15.71% Lactobacillus japonicus, 13.25% Lactobacillus pentosus, 10.26% Lactobacillus senmaizukei, 4.6% Lactobacillus plantarum, 2.65% Leuconostoc mesenteroides and 2.32% Lactobacillus acidifarinae and 17.26% unclassified bacteria were identified. The same identification results were obtained by both phenotypic and Next- generation sequencing assays at genus level. In this study, application of next generation sequencing in identification of whole microbial community of this fermented product revealed that lactic acid bacteria include Lactobacillus, Pediococcus and Leuconostoc as dominant flora, were involved in fermentation process. Non-lactic acid bacteria such as Acinetobacter, Enterobacter, Erwinia and Dickeya genera also play important role in fermented pickled vegetable with tomato juice ripening. Moreover, probiotic bacteria such as Lactobacillus plantarum, Lactobacillus pentosus, Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus brevis were identified in this fermented product.
نسل جدید توالی یابی,شوری سبزیجات,آب گوجه فرنگی,تخمیر,
Next-Generation Sequencing,pickled vegetable,tomato juice,fermentation.,
15
27
http://fsct.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-7-26441-1&slc_lang=fa&sid=7
shohreh
hesami
شهره
حسامی
1003194753284600186874
1003194753284600186874
Yes
Assistant professor, Department of Biology, Faculty of Science, Bu-Ali Sina University. Hamedan, Iran
استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران.
nafiseh
davati
نفیسه
دعوتی
1003194753284600186875
1003194753284600186875
No
bualisina
استادیار گروه صنایع غذایی دانشکده صنایع غذایی بهار- دانشگاه بوعلی سینا همدان